澳洲野犬的祖先是東亞已被馴化的家犬 約9900年前從中國南方出發(fā)最終到達澳大利亞（圖片：wikipedia）
（神秘的地球uux.cn報道）據(jù)中國科學(xué)院昆明動物研究所（分子進化與基因組多樣性學(xué)科組）：澳洲野犬（Canis lupus dingo）英文名dingo，分類學(xué)上屬于犬屬，野犬亞已約年灰狼種，祖到達澳洲野犬亞種，先東是被馴澳大利亞特有的一種野生動物。它也是家犬一種非常有趣的動物，首先，中國最終它生活在與外界孤立的南方澳大利亞，卻不是利亞澳洲的原生物種，由于澳洲的澳洲澳特殊地理位置，澳洲野犬只會是野犬亞已約年人類遷移澳洲攜帶過去的，因此研究澳洲野犬的祖到達群體歷史還能反映澳洲古代人群的遷移。另外，先東它原先已被人類馴養(yǎng)，被馴但到達澳大利亞后又脫離人類控制，家犬重回野生環(huán)境，經(jīng)過了至少五千年的野化，而且，澳大利亞長期沒有其他犬科動物，dingo的野化不會受到狼或家犬的雜交，這些使得它成為研究野化最好的模型。但是目前澳洲野犬的全基因組研究還是一片空白。中科院昆明動物研究所張亞平院士，毛炳宇研究員和瑞典皇家理工學(xué)院的Peter Savolainen教授團隊合作，對澳洲野犬的起源和野化過程進行了深入的研究。 
張亞平院士領(lǐng)導(dǎo)的國際合作團隊采集測序了10只野生的澳洲野犬和2只新幾內(nèi)亞歌唱犬，并且收集了97個家犬和灰狼的下載數(shù)據(jù)，組成了109個全基因組測序數(shù)據(jù)集。研究團隊基于全基因組證據(jù)揭示證明了澳洲野犬的祖先是東亞已被馴化的家犬，在大約9900年前從中國南方出發(fā)，在大約8300年前到達了澳大利亞，并在澳大利亞迅速野化。并且這個時間與南島擴散的時間不相符，可能是一次未知的古代人類到的澳洲的遷移活動。我們還利用澳洲野犬這一模型對野化進行了研究，發(fā)現(xiàn)了很多有趣的野化基因，這些基因大多與神經(jīng)發(fā)育，免疫，生殖和消化代謝有關(guān)，這些功能都與家犬適應(yīng)野外生存密切相關(guān)。最后我們分析了澳洲野犬的野化模式，發(fā)現(xiàn)了澳洲野犬的一些基因區(qū)域相比較家犬來說更像狼，這可能是由于澳洲野犬來自于還未被完全馴化的早期家犬。我們認為這些基因區(qū)域可能對野化和馴化來說都很重要，因此我們針對澳洲野犬一個和神經(jīng)相關(guān)的基因ARHGEF7上的突變，設(shè)計了一個功能驗證，發(fā)現(xiàn)這個澳洲野犬上的突變確實等影響ARHGEF7基因的表達。該工作利用了澳洲野犬的基因組推測出了它的群體歷史，而且還提示了一次可能的古代人類遷移，又利用澳洲野犬的野化分析，推導(dǎo)出了他的野化模式，為今后人群遷移和野化研究提供了新的思路。 
該工作以“Genomic regions under selection in the feralization of the dingoes”為題發(fā)表在期刊Nature Communications上（https://doi.org/10.1038/s41467-020-14515-6），昆明動物研究所張亞平課題組的張少杰，王國棟研究員和毛炳宇課題組的馬鵬程副研究員為共同第一作者，張亞平院士、毛炳宇研究員和瑞典皇家理工學(xué)院的Peter Savolainen教授為通訊作者。 
該研究得到了國家自然科學(xué)基金委、中國科學(xué)院B類戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項、中科院“十三五”信息化專項和中科院青年創(chuàng)新促進會的支持。 
相關(guān)報道：澳洲野犬源自何處？中科院兩研究“殊途同歸”：中國古代家犬
（神秘的地球uux.cn報道）據(jù)中新網(wǎng)北京3月7日電（孫自法）：澳洲野犬既是澳大利亞特有的野生動物，卻又非澳洲原產(chǎn)，它源自何處一直以來頗有爭議。中國科學(xué)院兩個不同科研項目近期分別完成的研究成果卻“殊途同歸”，均認為澳洲野犬的祖先是中國古代家犬。
中科院昆明動物研究所張亞平院士課題組牽頭的國際團隊，通過采集測序10只野生的澳洲野犬和2只新幾內(nèi)亞歌唱犬，并且收集97個家犬和灰狼的下載數(shù)據(jù)，組成109個全基因組測序數(shù)據(jù)集。基于全基因組證據(jù)，該團隊研究揭示澳洲野犬的祖先是東亞已被馴化的家犬，大約9900年前從中國南方出發(fā)，大約8300年前到達澳大利亞，并迅速野化。由于澳洲的特殊地理位置，澳洲野犬只會是由人類遷移澳洲攜帶過去，研究澳洲野犬的群體歷史還能反映澳洲古代人群的遷移。張亞平團隊稱，大約9900年前至8300年前這個時間，早于南島語系人群擴散的時間，可能是一次未知的古代人類到澳洲的遷移活動。
中科院古脊椎動物與古人類研究所古DNA實驗室付巧妹研究員團隊與多家科研、考古機構(gòu)及高校合作，完成中國古代家犬線粒體全基因組的研究結(jié)果顯示，所獲26例中國古代家犬線粒體基因組大多(18/26)屬于A1b單倍型，可能與現(xiàn)生的澳洲野犬及太平洋島嶼殖民時代之前的家犬直接相關(guān)。該研究推測，A1b單倍型家犬可能曾廣泛分布于長江黃河流域并占據(jù)主導(dǎo)地位，后期擴散到中國南方、東南亞、新幾內(nèi)亞、澳大利亞及太平洋的島嶼上，同樣認為澳洲野犬的擴散早于南島語系人群擴散的時間。
該研究稱，中國古代家犬在約7500年前有一個明顯的種群擴增，這與中國農(nóng)業(yè)起源及人群數(shù)量擴張相吻合，也暗示著A1b支系的家犬可能迅速隨農(nóng)業(yè)人群的擴張到達整個長江黃河流域，并在可能的種群替代事件發(fā)生之前，有一些A1b類型家犬已成功向南擴散到澳大利亞、太平洋島嶼及向北擴散到東西伯利亞的極地地區(qū)。
至于兩項研究在年代上的差異，付巧妹指出，“時間上沒有沖突，我們古DNA研究中的年代是樣品的年代，并不代表(澳洲野犬)起源時間”。
這兩項研究，中科院昆明動物所王國棟研究員都是主要參與者之一，他接受中新網(wǎng)記者電話采訪時表示，澳洲野犬群體起源及野化機制研究和中國古代家犬線粒體全基因組研究是兩個不同的科研項目，前者重點方向還包括探索中國古代家犬在澳洲重新野化的過程，后者則側(cè)重對家犬的遺傳歷史和擴散路線進行研究，兩者的共同結(jié)論，就是從基因?qū)用娴贸霭闹抟叭鹪从谥袊糯胰慕Y(jié)論。
“這也不能說是意外結(jié)果，我們的合作者之一，瑞典皇家理工學(xué)院的Peter Savolainen通過線粒體數(shù)據(jù)分析提出過澳洲野犬的東亞起源假說。中科院這兩個科研項目分別從現(xiàn)代基因組和古DNA的角度進一步發(fā)現(xiàn)澳洲野犬源自中國古代家犬，嚴謹一點，就是證實了它是從中國過去的最大可能性。”王國棟說。
據(jù)了解，中國古代家犬線粒體全基因組研究已經(jīng)在《分子生物學(xué)與進化》在線發(fā)表，為明晰東亞地區(qū)家犬的遺傳歷史和擴散路線，后續(xù)還需要加入更多東亞地區(qū)和相鄰地區(qū)的古代樣品、特別是東亞南部樣品，開展線粒體和核基因組研究。
澳洲野犬群體起源及野化機制研究成果發(fā)表于《自然通訊》，它既填補了澳洲野犬的全基因組研究空白，也為今后史前人群遷移和馴養(yǎng)動物野化研究提供了新的思路。
相關(guān)報道：昆明動物研究所揭示伊朗家犬在馴化過程中積累的變異組
（神秘的地球uux.cn報道）據(jù)中國科學(xué)院昆明動物研究所：基因組測序技術(shù)的進步為研究馴化過程中快速積累表型變異的遺傳基礎(chǔ)和歷史提供了便利。位于西南亞的新月沃土地區(qū)是現(xiàn)有記錄的大多數(shù)動植物的馴化地，并且有研究表明這個地區(qū)的品種犬和灰狼共享了很高比例的單倍型數(shù)量。 
為了進一步研究狗馴化過程的遺傳基礎(chǔ)，研究團隊對來自新月沃土東部的伊朗的3只狼和3只狗進行了全基因組測序，共鑒定到大約一千二百萬個單核苷酸突變位點（SNPs），在灰狼中鑒定了一千萬的SNPs，家犬中鑒定了近七百八十萬個SNPs。此外，還鑒定了三百五十萬個短片段插入缺失，其中在灰狼中鑒定了三百一十萬個，家犬中鑒定了二百二十萬個。同時，在伊朗的6個樣品還發(fā)現(xiàn)了10,571個拷貝數(shù)變異區(qū)段，共154.65Mb，約占家犬基因組的6.41%。進一步分析表明家犬比灰狼積累了更多的有害突變。同時，灰狼比家犬在含子區(qū)域和基因間區(qū)積累了更高比例的突變，但是在編碼區(qū)和3’-UTR則相反。鑒定的結(jié)構(gòu)變異富集在嗅覺和免疫系統(tǒng)。該研究揭示了與灰狼相比，家犬在編碼區(qū)積累了更多的有害突變。第一次解析了伊朗家犬和灰狼的變異圖譜，進一步闡釋了家犬馴化的遺傳基礎(chǔ)。 
該工作以“Whole genome resequencing of the Iranian native dogs and wolves to unravel variome during dog domestication”為題發(fā)表在國際期刊BMC Genomics上（鏈接：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-020-6619-8?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg）。克爾曼沙希德貝赫什提大學(xué)（Shahid Bahonar University of Kerman）動物科學(xué)系的博士Zeinab Amiri Ghanatsaman和昆明動物研究所張亞平課題組的王國棟研究員為共同第一作者。昆明動物研究所的張亞平院士和克爾曼沙希德貝赫什提大學(xué)的Ali Esmailizadeh教授為共同通訊作者。 
該研究得到了國家自然科學(xué)基金重大項目、中國科學(xué)院國際合作局國際合作項目、中國西南野生生物種質(zhì)資源庫動物分庫（國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施專項）贊助。

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